Acquisition d'une plateforme analytique de deuxième génération pour le séquençage d'ADN

En plus de répondre aux besoins des laboratoires du réseau de la santé, il réalise des analyses pour les municipalités, les cliniques vétérinaires, les unités d’hémodialyse et des clients du secteur privé. Il participe à plusieurs programmes coordonnés à l’échelle nationale et intergouvernementale. Situation actuelle Le LSPQ possède deux séquenceurs de première génération ABI 3130XL et un pyroséquenceur en phase liquide pour la détermination de séquences d’ADN à des fins de génotypage, d’identification taxonomique et de détection de mutations de résistance aux antimicrobiens. Quoique robustes et bien intégrés aux routines analytiques, ces appareils n’ont pas la capacité de déterminer la séquence de génomes complets à des coûts et dans des délais compatibles avec des applications cliniques. L’objectif soutenu par l’acquisition d’un séquenceur de deuxième génération est d’augmenter par un facteur d’au moins 100x le nombre de bases d’ADN lues par épreuve, permettant la détermination de génomes complets en un seul essai. La séquence complète rend l’identification taxonomique définitive et permet, en outre, la détection de facteurs de virulence et de résistance, de façon concomitante. La génomique structurale est de plus en plus utilisée pour des épreuves analytiques cliniques et pour des études épidémiologiques, en particulier les investigations d’éclosions. Les diverses plateformes de séquençage d’ADN ont des applications complémentaires et sont utilisées en parallèle. Le LSPQ souhaite introduire et développer des algorithmes analytiques incluant des signatures géniques complètes au cours des prochaines années pour diminuer les délais de caractérisation de micro-organismes d’intérêt clinique pour la santé publique dans des situations d’éclosions et de menaces appréhendées, mais également pour rehausser son plateau technologique afin d’accomplir son rôle de laboratoire de référence en microbiologie à l’intérieur du réseau du MSSS. Une plateforme de séquençage de deuxième génération est l’élément clé de cette nouvelle technologie. Le séquençage d’ADN, à l’aide de plateformes de deuxième génération, implique une série d’étapes analytiques pour la préparation des échantillons, incluant l’extraction et la purification des acides nucléiques, la fragmentation, la production de librairies clonales par PCR en émulsion ou en pont (« bridge PCR »), la préparation des matrices, le séquençage en tant que tel, l’analyse de la qualité des séquences et l’assemblage final. Les méthodes de préparation des librairies et de séquençage des plateformes présentement disponibles utilisent des protocoles techniques très différents.