LOCATION D’UNE PLATEFORME D’ANALYSE AUTOMATISÉE DE SÉQUENÇAGE DE NOUVELLE GÉNÉRATION

Le système sera employé pour la détection de mutations pertinentes dans le carcinome pulmonaire non à petites cellules. Les équipements seront utilisés pour caractériser le génotype des spécimens de cancer du poumon de sa biobanque et nécessiteront l’achat de réactifs compatibles avec l’instrumentation (énumérés plus bas). L’équipement répond aux critères obligatoires suivants : Un seul instrument doit permettre un séquençage complet, entièrement automatisé (sans aucune intervention technique nécessaire), à partir du chargement de l’ADN/ARN extrait d’un échantillon fixé à la formaline et enrobé à la paraffine, incluant : la préparation de la librairie, le séquençage et l’analyse bioinformatique jusqu’à la production de résultats dans un rapport. Le résultat final, incluant le séquençage, doit être fourni en moins de 30 heures après le chargement de l’échantillon et le démarrage de l’analyse. Le temps de manipulation d'un échantillon pour un chargement à partir des acides nucléiques extraits doit être de moins de 20 minutes L’appareil est modulable et permet l'analyse allant jusqu’à au moins 16 échantillons indépendants par analyse. L’appareil est un modèle autoporté. L'appareil est déplaçable. L’appareil est compatible avec un réseau internet. L’appareil est conçu pour fonctionner à un rythme soutenu (5 jours par semaine sans presque aucune interruption). L’appareil est fourni avec le matériel informatique et les logiciels nécessaires afin de permettre la collecte et l’analyse des données. L’analyse des données: est automatisée et incluse dans le flux de travail nécessite des connaissances informatiques minimales de l'opérateur de l’instrument permet le transfert des informations à un réseau informatique Un support technique est offert sur les jours ouvrables pour l’ensemble du flux de travail, de la préparation des échantillons aux résultats. Une formation sera donnée aux utilisateurs concernant l’utilisation et l’entretien périodique de l’appareil. Les mises à jour logicielles nécessaires au bon fonctionnement de l’appareil seront disponibles gratuitement pendant la durée de la location. L’appareil est fonctionnel sur une alimentation électrique de 115V, 60Hz. L’appareil peut être installé dans un espace restreint de moins de 70 cm de largeur et moins de 100 cm de profondeur et hauteur. L’équipement a déjà été vendu en Europe ou en Amérique du nord et la technologie est éprouvée (l'appareil et les trousses sont utilisés dans plusieurs laboratoires de recherche et de clinique). Les réactifs doivent être intégrés dans une trousse permettant d’interroger les gènes et variants utiles au diagnostic moléculaire appliqué au cancer du poumon, incluant minimalement les gènes suivants : EGFR, BRAF, KRAS, ERBB2, ALK, ROS1, RET, MET, NTRK1, NTRK2, NTRK3. Les réactifs permettent une compatibilité avec les échantillons de tissus fixés à la formaline et enrobés à la paraffine et l'analyse doit être en mesure de détecter une mutation présente à une fréquence allélique de 5%. Des trousses sont disponibles pour l’analyse sur le sang ou l'ADN extrait. Les réactifs suivants prévoient être achetés pour le fonctionnement de l’appareil : Tableau des consommables (réactifs) Fabriquant Code fournisseur Description Consommation estimée pour 6 mois 1 Thermo Fisher A40263 GXS TEMPL STRIPS 3-GX5 AND 4 COMBO 40 2 Thermo Fisher A40261 GENEXUS BARCODES 1-32 HD KIT 80 3 Thermo Fisher A40266 GENEXUS PIPETTE TIPS 12 RACK/96 40 4 Thermo Fisher 4483354 96-WELL HARD SHELL PLATE CLEAR ,20 PCS PK 40 5 Thermo Fisher A40269 ION GX5 CHIP AND GXS COUPLER KIT 40 6 Thermo Fisher A40271 GENEXUS SEQUENCING KIT COMBO 40 7 Thermo Fisher A46291 ONCOMINE PRECISION ASSAY GX COMBO 80 8 Thermo Fisher AB0626 ADHESIVE FOIL SEALS FOR MICROP LATES OR PCR PLATES 40