ACHAT D'UN SÉQUENCEUR NOUVELLE GÉNÉRATION

Par leur expertise en analyse du microbiome-endocannabinoïdome dans la santé métabolique, les travaux de recherche de plusieurs équipes du CRIUCPQ-UL nécessitent une analyse génétique qualitative et quantitative rapide du microbiome et de l'endocannabinoidome interagissant pour réguler l'homéostasie énergétique et le métabolisme. À cause de leur complexité, ces systèmes ne peuvent pas être analysés par les séquenceurs classiques ou de nouvelle génération à faible débit. En effet, des approches méta taxonomiques ciblant le gène 16S seront employées, en plus d’approche de séquençage de génome microbien complet. Aussi, le grand nombre d'échantillons qui seront séquencés pour l’analyse des gènes de l’endocannabinoidome et des 16S de micro biome nécessitera que l'instrument ait des capacités de multiplexage pour en maximiser le débit. Le séquenceur sera aussi utilisé pour quantifier l'expression de l'ARN d'un sous-ensemble prédéterminé de gènes (ARN ciblé) du micro biome et de son hôte. De même, le système devra permettre le séquençage de panels de gènes ciblés pour permettre le génotypage et l'identification de variantes génétiques. Enfin, le système devrait être capable de réaliser un séquençage de l'ADN obtenu à partir des immun précipitations de la chromatine (ChIP-seq). A notre connaissance, le Séquenceur Nouvelle Génération MiSeq de la compagnie Illumina est le seul séquenceur dernière génération à réunir amplification, séquençage et analyse des données en un seul instrument, avec un encombrement permettant son positionnement sur un espace de laboratoire standard (Largeur 90 cm Profondeur 60 cm). Il est le seul aussi de sa catégorie à offrir des analyses à lecture unique ou Paired End.