Analyses génétiques et rapports sur le niveau de croisement entre les espèces de truites

PAC :
Le présent préavis d’adjudication de contrat (PAC) a pour but de signaler l’intention du gouvernement d’attribuer un contrat pour ces services au Montana Conservation Genetics Lab, University of Montana, Flathead Lake Biological Station, 32125 Bio Station Lane, Polson MT 59860 É.-U. Toutefois, avant d’octroyer un contrat, le gouvernement aimerait offrir à d’autres fournisseurs la possibilité de démontrer qu’ils sont capables de répondre aux exigences établies dans ce préavis en présentant un énoncé de capacités pendant la période d’affichage du PAC.
Si d’autres fournisseurs potentiels présentent un énoncé de capacités pendant la période d’affichage du PAC et prouvent ainsi qu’ils satisfont aux exigences établies dans le PAC, le gouvernement enclenchera un processus d’appel d’offres complet en ayant recours au Service électronique d’appels d’offres du gouvernement (SEAOG) ou encore à la méthode traditionnelle avant d’octroyer le contrat en question.
Si, au plus tard, à la date de clôture, aucun autre fournisseur ne présente d’énoncé de capacités répondant aux exigences établies dans le PAC, un contrat sera attribué au fournisseur présélectionné.
INTRODUCTION :
Pêches et Océans Canada (MPO) a besoin qu’un entrepreneur effectue des analyses génétiques sur le niveau de croisement entre diverses populations de truites fardées versant de l’ouest en Alberta et fasse un rapport sur les résultats obtenus.
CONTEXTE :
Le travail comprend l’analyse d’échantillons d’entailles de nageoire de truites fardées versant de l’ouest fournis par Alberta Environment and Parks, à l’aide de 95 marqueurs ou RAD, y compris un sous-ensemble de diagnostics propres à l’espèce pour l’analyse des mélanges de truites arc-en-ciel, de truites fardées côtières et de truites fardées de Yellowstone. L’entrepreneur est responsable de l’extraction de l’ADN, de la quantification et de la normalisation de l’ADN, de la digestion des enzymes, du codage à barres des échantillons et de la création de la bibliothèque de marqueurs RAD, ainsi que de la saisie des loci RAD et de la création de la bibliothèque de séquençage. L’entrepreneur doit fournir un rapport détaillé décrivant les proportions de mélange (% de pureté de la truite fardée versant de l’ouest) au sein de chaque population.
OBJECTIFS :
L’objectif principal des travaux est de déterminer la proportion et le degré de croisement entre espèces dans diverses populations de truites fardées versant de l’ouest en Alberta.
EXIGENCES CONCERNANT LES TRAVAUX :
L’entrepreneur doit remplir et livrer les articles suivants :

Analyse d’échantillons d’entailles de nageoire de truites fardées versant de l’ouest fournis par Alberta Environment and Parks, à l’aide de 95 marqueurs ou RAD, y compris un sous-ensemble de diagnostics propres à l’espèce pour l’analyse des mélanges de truites arc-en-ciel, de truites fardées côtières et de truites fardées de Yellowstone.
Extraction d’ADN – génomique – extraction d’ADN à billes magnétiques des échantillons de tissus fournis.
Contrôle de la qualité et normalisation de l’ADN – Quantification et normalisation de l’ADN.
Préparation de la bibliothèque RAD – digestion des enzymes, codage à barres des échantillons, création/contrôle de la qualité de la bibliothèque RAD.
Préparation de la bibliothèque de capture et de séquençage – capture des loci RAD et création/contrôle de la qualité de la bibliothèque de séquençage.
Fournir les données résultantes en format numérique dans des feuilles de calcul Excel.
Fournir un rapport numérique détaillé avec des statistiques sommaires décrivant les proportions de mélange (% de pureté de la truite fardée versant de l’ouest) au sein de chaque population.

Tous les produits livrables doivent être remis au plus tard le 20 mars de chacune des années pendant lesquelles le contrat est en vigueur.
CRITÈRES OBLIGATOIRES :

Le laboratoire doit avoir démontré un minimum de 5 ans d’expérience consistant à des analyses génétiques antérieures de la truite fardée versant de l’ouest visant à évaluer le croisement entre espèces (c.-à-d. fréquence des allèles non indigènes, indices hybrides) avec la truite arc-en-ciel et la truite fardée de Yellowstone en utilisant des marqueurs (loci) du polymorphisme touchant un nucléotide unique (SNP) d’ADN associé aux sites comportant des restrictions (RAD). Les résultats doivent avoir été publiés dans des publications scientifiques examinées par des pairs.
Le laboratoire doit signaler ce qui suit :
génotypes des individus à tous les loci de diagnostics et variables utilisés.
fréquence des allèles pour chaque échantillon individuel de cinq espèces cibles : truite fardée versant de l’ouest, truite arc-en-ciel, truite fardée de Yellowstone, truite dorée et truite fardée côtière.
résultats statistiques pour l’évaluation de la présence d’une population hybride pour chacune des espèces cibles énumérées ci-dessus.
puissance statistique pour détecter le croisement entre chaque espèce cible applicable énumérée ci-dessus et indication de quels loci de diagnostics ont été utilisés ainsi que leur nombre pour déterminer cette puissance de détection.
liste des différents types d’hybrides présents (c.-à-d. différentes combinaisons d’espèces) dans chaque échantillon.
variation génétique (pourcentage de loci polymorphes, hétérozygotie, statistiques F) dans chaque échantillon distinct prélevé et comparé aux autres échantillons analysés à ce jour
Expérience : au moins 5 ans pour les critères de signalement ci-dessus.

L’équipe de ressources doit être composée d’un généticien principal ayant 5 ans d’expérience dans l’analyse de la génétique de la truite fardée versant de l’ouest.
L’équipe ressource doit être composée d’un directeur de laboratoire et de techniciens de laboratoire spécialisés ayant 5 ans d’expérience dans l’analyse génétique de la truite fardée versant de l’ouest.

VALEUR ESTIMATIVE
La valeur totale du contrat ne doit pas dépasser 50 000 $ (taxes applicables en sus) pour la période ferme allant de l’attribution du contrat jusqu’au 31 mars 2019. L’année d’option 1 est estimée à 50,000 $ (taxes applicables en sus) et l’année d’option 2 est estimée à 50,000 $ (taxes applicables en sus).
APPLICABILITÉ DES ACCORDS COMMERCIAUX ET AUTRES OBLIGATIONS :
Aucun accord commercial ne s’applique.
EXCEPTION AU RÈGLEMENT SUR LES MARCHÉS DE L’ÉTAT ET MOTIFS JUSTIFIANT LE RECOURS À L’APPEL D’OFFRES RESTREINT
Les exigences suivantes en matière de politique s’appliquent à ce processus de PAC :
Exceptions applicables aux appels d’offres en vertu du Règlement sur les marchés de l’État (RME) (article 6) :
Selon l’article 10.2.1 et le paragraphe 6(d), une seule personne ou une seule société peut exécuter le travail; la règle s’applique à ce PAC pour les raisons suivantes :
- Il n’y a aucune autre source connue d’approvisionnement. Il serait possible et rentable de répondre à cette exigence au moyen d’un processus concurrentiel.
DURÉE DU CONTRAT :
Le contrat sera en vigueur à compter de sa date d’attribution jusqu’au 31 mars 2019, inclusivement. Le contrat comprendra deux années d’option, à accorder à la discrétion du MPO.
Période ferme : à partir de l’attribution du contrat jusqu’au 31 mars 2019
Année d’option 1 : du 1er avril 2019 au 31 mars 2020
Année d’option 2 : du 1er avril 2020 au 31 mars 2021
DROIT DU FOURNISSEUR DE PRÉSENTER UN ÉNONCÉ DE CAPACITÉS :
Les fournisseurs qui s’estiment pleinement qualifiés et prêts à fournir les services décrits dans la présente doivent présenter par écrit un énoncé de capacités à l’agent de négociation des marchés dont le nom est indiqué dans le présent préavis, au plus tard à la date de clôture. L’énoncé de capacités doit clairement démontrer comment le fournisseur satisfait aux exigences publiées.
DATE DE CLÔTURE POUR LA SOUMISSION DES ÉNONCÉS DE CAPACITÉS
Le 6 décembre 2018 à 14 h 00 (heure de l’Atlantique)
Les demandes de renseignements et les énoncés de capacités doivent être adressés à :
Hannah State
Chef d’équipe/Int. – Services aux contrats
Centre d’approvisionnement – Fredericton
Téléphone : (numéro sur l'avis officiel)
Courriel : (courriel sur l'avis officiel)